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Vous sortez de chez le médecin avec une ordonnance d'antibiotiques, et une question revient souvent : faut-il prendre des probiotiques en même temps ? L'idée n'est pas neuve. Un antibiotique vise les bactéries responsables d'une infection, mais il ne fait pas le tri : au passage, il bouscule aussi une partie des micro-organismes qui peuplent normalement notre tube digestif. C'est précisément ce déséquilibre que l'on cherche à accompagner.
Cette page fait le point, sans promesse exagérée : ce que sont réellement les probiotiques, comment les antibiotiques agissent sur la flore intestinale, ce que disent les travaux de recherche sur leur association, et comment les utiliser concrètement pendant et après un traitement. Les antibiotiques restent un traitement médical : rien de ce qui suit ne les remplace.
Les probiotiques sont, selon la définition retenue par l'Organisation mondiale de gastroentérologie, des micro-organismes vivants (bactéries et/ou levures) qui, administrés en quantité adéquate, peuvent exercer un effet bénéfique sur l'hôte (1). On les retrouve naturellement dans notre organisme. Les bactéries sont souvent perçues comme quelque chose de négatif, mais il faut savoir que nous vivons constamment avec un mélange de « bonnes » et de « mauvaises » bactéries.
Les bactéries dites bénéfiques participent à l'équilibre du microbiote, ce vaste écosystème microbien qui tapisse nos intestins. Elles occupent l'espace, consomment les nutriments disponibles et limitent ainsi la place laissée aux germes indésirables lorsque ces derniers deviennent trop nombreux. Sachez aussi que ces communautés ne se logent pas seulement dans l'intestin : il existe également une flore buccale et une flore vaginale, qui hébergent elles aussi leurs propres populations bactériennes.
Tout comme pour le tube digestif, un traitement antibiotique destiné à une infection bactérienne buccale ou vaginale peut affecter une partie de ces bactéries résidentes. Apporter des probiotiques est alors une façon d'accompagner le rééquilibrage de ces flores, en complément du traitement prescrit.
On trouve des micro-organismes vivants dans une partie de notre alimentation, notamment les aliments fermentés du quotidien, comme :
Ces aliments apportent des souches variées, mais en quantités difficiles à doser précisément, et la cuisson ou la pasteurisation détruisent une bonne partie des micro-organismes. C'est pourquoi beaucoup choisissent les probiotiques sous forme de compléments alimentaires : le nombre de micro-organismes vivants y est indiqué (en UFC, unités formant colonie) et garanti jusqu'à la date de péremption, ce qui permet de viser un apport régulier et reproductible.
Les antibiotiques sont des médicaments utilisés contre les infections bactériennes, c'est-à-dire le développement et la multiplication de bactéries pathogènes dans l'organisme. Ils agissent en empêchant ces bactéries de se multiplier ou en les détruisant. Ils ne sont en revanche d'aucune utilité contre les infections virales : un rhume ou une grippe, par exemple, ne relèvent pas de l'antibiothérapie.
Les antibiotiques peuvent être pris par voie orale (comprimés, gélules), mais aussi exister sous forme de crèmes, de sprays pour la peau, ou encore de gouttes pour les yeux et les oreilles. En cas d'infection grave, ils peuvent être administrés par injection ou perfusion intraveineuse à l'hôpital.
Ces traitements sont généralement prescrits dans des situations comme une infection urinaire, une angine bactérienne ou certaines infections digestives. Parce qu'ils peuvent entraîner des effets indésirables et que leur usage répété favorise l'antibiorésistance, les antibiotiques ne doivent être utilisés que sur prescription, pour la durée indiquée, et jamais « par précaution ». C'est un point sur lequel toutes les autorités de santé insistent.
Comme indiqué précédemment, les bactéries bénéfiques participent au bon fonctionnement de la digestion. Or, lorsqu'un traitement antibiotique cible une infection, il ne distingue pas les bactéries pathogènes des bactéries utiles à l'équilibre du microbiote. De ce fait, une partie des bactéries résidentes peut être touchée en même temps que l'infection visée.
Cette réduction temporaire de la diversité du microbiote intestinal peut s'accompagner d'un inconfort digestif. Le trouble le plus fréquemment rapporté est la diarrhée associée aux antibiotiques (DAA), un effet indésirable bien documenté : les antibiotiques perturbent l'équilibre microbien habituel, ce qui peut se traduire par des selles plus fréquentes et liquides et des crampes abdominales (2). Dans la plupart des cas, cet équilibre se rétablit progressivement à l'arrêt du traitement.
C'est aussi pour cette raison que la prescription d'antibiotiques est posée avec prudence pendant la grossesse : le microbiote intestinal se constitue très tôt dans la vie et accompagne la maturation du système immunitaire du nourrisson. Toute décision dans ce contexte relève bien sûr du médecin, qui met en balance le bénéfice du traitement et ces considérations.
L'idée d'associer probiotiques et antibiotiques repose sur un raisonnement simple : si le traitement réduit temporairement les populations bactériennes utiles, pourquoi ne pas en apporter de nouvelles en parallèle, pour soutenir l'équilibre du microbiote pendant cette période ? C'est exactement la question que la recherche a explorée, et c'est l'un des rares usages des probiotiques pour lesquels les données sont relativement consistantes.
Une revue systématique Cochrane, qui rassemble 33 essais et plus de 6 000 participants, a évalué l'intérêt des probiotiques pris en même temps qu'une antibiothérapie. Les auteurs concluent à un effet protecteur modéré sur la survenue de la diarrhée associée aux antibiotiques : dans cette analyse, environ 8 % des personnes recevant un probiotique ont présenté une DAA, contre 19 % dans le groupe témoin, le niveau de preuve étant qualifié de modéré (3). Les dosages les plus élevés (au moins 5 milliards d'UFC par jour) ressortent comme les plus pertinents.
Restons mesurés : « effet protecteur modéré » ne veut pas dire garantie. Les probiotiques ne suppriment pas tout risque d'inconfort digestif, et leur efficacité dépend de la souche, de la dose et du contexte. Mais sur ce point précis, l'association probiotique + antibiotique fait partie des situations où les données de recherche sont les plus encourageantes. C'est d'ailleurs pourquoi un médecin ou un pharmacien peut, dans certains cas, vous suggérer d'y recourir et de poursuivre la cure quelques jours après la fin de l'antibiotique, le temps que le microbiote se rééquilibre.
Tous les probiotiques ne se valent pas : les effets observés sont spécifiques d'une souche donnée, et ne se transposent pas automatiquement d'une espèce à l'autre (4). Le tableau ci-dessous récapitule les souches parmi les plus étudiées et les contextes dans lesquels la recherche s'y est intéressée. Il s'agit d'axes de recherche, pas de promesses de résultat.
| Souche | Contexte étudié par la recherche |
|---|---|
| Lactobacillus rhamnosus GG | Diarrhée associée aux antibiotiques (souche la plus documentée avec S. boulardii) |
| Saccharomyces boulardii | Diarrhée associée aux antibiotiques (levure, non affectée par l'antibiotique) |
| Lactobacillus acidophilus | Confort digestif général |
| Bifidobacterium longum | Équilibre du microbiote de fond |
| Lactobacillus plantarum | Confort digestif, inconfort intestinal fonctionnel |
| Lactobacillus reuteri | Confort digestif du nourrisson, sphère bucco-dentaire |
| Bifidobacterium lactis | Régularité du transit |
Dans le cadre d'une antibiothérapie, deux souches reviennent systématiquement dans la littérature : Lactobacillus rhamnosus GG et Saccharomyces boulardii. Cette dernière présente une particularité utile : étant une levure, elle n'est pas sensible aux antibiotiques, et peut donc être prise sans contrainte d'horaire vis-à-vis du médicament.
La pratique courante, relayée par les guides professionnels, consiste à démarrer les probiotiques dès le premier jour de l'antibiotique plutôt qu'à la fin, puis à poursuivre la cure une à deux semaines après l'arrêt du traitement. Côté dosage, les données de recherche pointent vers des apports d'au moins 5 milliards d'UFC par jour pour les situations liées aux antibiotiques (3).
Les dosages s'expriment en UFC, comptabilisées à la date de péremption (et non à la fabrication). Voici quelques repères indicatifs, à adapter avec un professionnel de santé :
| Situation | Apport indicatif | Durée indicative |
|---|---|---|
| Entretien quotidien | 1 à 10 milliards UFC/j | Cure de 4 à 8 semaines |
| Pendant une antibiothérapie | ≥ 5 à 50 milliards UFC/j | Dès le 1er jour, à poursuivre 7 à 14 j après |
| Inconfort digestif passager | 10 à 50 milliards UFC/j | 5 à 10 jours |
| Accompagnement de fond | 10 à 50 milliards UFC/j | 4 à 12 semaines |
Un point pratique important : lorsque le probiotique contient des bactéries (et non une levure comme S. boulardii), il est conseillé d'espacer sa prise de l'antibiotique de 2 à 3 heures, afin de limiter l'action du médicament sur les bactéries apportées. Les formes gastro-résistantes améliorent par ailleurs le passage de l'estomac. La prise à jeun, le matin ou avant un repas léger, est souvent recommandée.
Pour aller plus loin — Découvrez aussi les prébiotiques, ces fibres qui nourrissent le microbiote, et le kombucha, boisson fermentée traditionnelle.
Les probiotiques sont généralement bien tolérés. Certaines situations justifient toutefois un avis médical avant d'en prendre : en cas d'immunodépression, de maladie grave sous-jacente, de port d'un cathéter central, ou chez une personne très affaiblie, des effets indésirables rares mais sérieux ont été rapportés dans la littérature (3). De même, chez le nourrisson, la femme enceinte ou allaitante, mieux vaut demander conseil.
Enfin, une diarrhée qui s'intensifie, qui dure, qui s'accompagne de fièvre élevée, de sang dans les selles ou d'une altération de l'état général pendant ou après une antibiothérapie doit conduire à reconsulter sans attendre : ces signaux ne relèvent pas de l'automédication par les probiotiques. Pour situer ce que les études permettent réellement de dire sur ce point, voir la recherche sur probiotiques et diarrhée.
Les antibiotiques sont indispensables dans bien des infections bactériennes, mais ils bousculent au passage l'équilibre du microbiote intestinal, ce qui se traduit parfois par un inconfort digestif passager. C'est dans ce contexte précis que l'association avec des probiotiques s'appuie sur les données de recherche les plus solides : une revue Cochrane décrit un effet protecteur modéré sur la diarrhée associée aux antibiotiques, surtout à dose suffisante et avec des souches bien choisies.
Avant de vous lancer, le bon réflexe reste de demander l'avis de votre médecin ou de votre pharmacien : souches, dosage, durée et moment de prise se décident au mieux avec un professionnel, en fonction de votre situation et du traitement en cours.
Sur le même thème — les bienfaits du kéfir et le kimchi, légume lacto-fermenté.
Ce n'est pas systématique, mais c'est l'une des associations les mieux étudiées. Les travaux de recherche, dont une revue Cochrane, décrivent un effet protecteur modéré sur la diarrhée associée aux antibiotiques, surtout avec des souches comme Lactobacillus rhamnosus GG ou Saccharomyces boulardii et à dose suffisante. L'avis de votre médecin ou pharmacien reste le meilleur repère.
Pour un entretien quotidien, 1 à 10 milliards d'UFC par jour suffisent généralement. Dans le cadre d'une antibiothérapie, les données pointent vers au moins 5 milliards d'UFC par jour, souvent 10 à 50 milliards. Vérifiez toujours que le nombre d'UFC est garanti à la date de péremption, et non seulement à la fabrication.
De préférence à jeun, le matin ou avant un repas léger, pour limiter l'effet de l'acidité gastrique. Surtout, lorsqu'il s'agit de souches bactériennes, espacez la prise de 2 à 3 heures de celle de l'antibiotique. Saccharomyces boulardii, qui est une levure, n'est pas concernée par cette contrainte.
La pratique courante consiste à commencer dès le premier jour du traitement et à poursuivre 1 à 2 semaines après son arrêt, le temps que le microbiote se rééquilibre. Pour un usage d'entretien, des cures de 4 à 8 semaines sont habituelles, à renouveler selon les besoins.
Les prébiotiques (fibres fermentescibles comme l'inuline, les FOS ou les GOS) servent de substrat aux bactéries bénéfiques. Associer les deux peut avoir un intérêt. Toutefois, en cas de troubles digestifs sévères, certaines fibres peuvent accentuer l'inconfort : un avis professionnel est alors préférable.