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Le microbiote désigne les milliards de bactéries qui peuplent notre système digestif et qui participent chaque jour au bon fonctionnement de notre organisme. Cet écosystème accompagne la digestion et le quotidien de notre forme. Une bonne hygiène de vie et une alimentation variée aident à entretenir un microbiote diversifié. Voici quelques repères concrets pour y parvenir.
Le microbiote désigne la flore intestinale de notre organisme : la population de bactéries dont l’activité accompagne le processus digestif. Elles sont des milliers de milliards à peupler notre tube digestif. La flore intestinale, ou microbiote, participe à la digestion : elle contribue à l’assimilation de nombreux nutriments et intervient dans la synthèse de certaines vitamines (B8, B12, K, etc.).
Le microbiote est également étudié pour son interaction avec le système immunitaire ([1]). La recherche s’intéresse aussi à ses liens avec l’équilibre du poids et avec divers domaines de la santé. L’état actuel des connaissances suggère que la composition de la flore intestinale est associée à notre forme générale et à notre bien-être, même si beaucoup de mécanismes restent à confirmer chez l’humain.
Nous pouvons prendre soin de notre flore intestinale chaque jour. Mais comment favoriser un bon microbiote et soutenir son fonctionnement ? Voici les principaux leviers, à la portée de tous.
Les fibres alimentaires sont parmi les meilleures alliées de notre microbiote ([2]). La flore se nourrit en partie de ces fibres, que notre organisme lui apporte lors de la digestion. Les fibres alimentaires sont des glucides complexes que l’on trouve dans les végétaux : la cellulose et la pectine en sont deux exemples. Une alimentation riche en fibres est associée à un microbiote intestinal plus diversifié, et la diversité de la flore est elle-même un marqueur étudié de son bon fonctionnement.
Dans le cadre de l’alimentation moderne, nous ne consommons pas assez de fibres. Les recommandations officielles situent l’apport conseillé autour de 30 grammes de fibres par jour, quand la plupart d’entre nous n’en consomment que 20 grammes, voire moins. Pour des apports suffisants, il faut consommer des fruits et des légumes en quantité, au moins cinq portions par jour. Les fruits et légumes sont d’excellentes sources de fibres et d’ingrédients prébiotiques d’origine naturelle. D’autres végétaux sont aussi à privilégier : les céréales complètes et les légumineuses, excellentes sources de fibres qui apportent également des protéines végétales. Plus on diversifie les sources de fibres, mieux c’est. Les fibres contribuent par ailleurs au confort digestif et à la sensation de satiété après les repas.
La lactofermentation est un procédé qui transforme des aliments et apporte des micro-organismes vivants, dont des bactéries dites probiotiques. Pour enrichir notre alimentation et favoriser un bon microbiote, on peut consommer des produits fermentés ([3]) ([4]). La choucroute, le kimchi coréen ou les pickles en sont de bons exemples. On peut aussi consommer des olives noires ou des cornichons, préparés en saumure. Enfin, certaines boissons offrent un profil voisin : le kéfir et le kombucha. D’ailleurs, il est tout à fait possible de préparer soi-même des conserves lactofermentées, avec des légumes bio : radis, betterave crue, concombre, courgette, chou…
Les produits fermentés trouvent naturellement leur place dans une alimentation variée. Vous pouvez diversifier au maximum vos apports. Intégrer des sources de probiotiques naturelles régulièrement, dans le cadre d’une alimentation équilibrée, reste l’approche la plus simple à tenir dans la durée.
Les produits laitiers fermentés, comme certains fromages et les yaourts, sont des sources de « bonnes bactéries » qui participent à la diversité de la flore intestinale. Il s’agit, ici aussi, de probiotiques. Plus précisément, on parle de ferments lactiques (ou bactéries lactiques) de type bifidobactéries et lactobacilles. Ces bactéries sont présentes dans les préparations de lait fermenté comme le kéfir, le laban, le leben ou le lait ribot. Dans les fromages, les ferments sont encore plus diversifiés. Ces micro-organismes entretiennent la diversité du microbiote intestinal.
Pour les personnes intolérantes au lactose, il existe d’autres solutions. Le rôle de ces bactéries dans les produits laitiers est en effet de transformer le lactose en acide lactique : plus les bactéries sont nombreuses et actives, moins le lactose reste présent dans le produit. Les fromages les plus affinés, comme le parmesan ou les vieux gruyères, n’en contiennent pratiquement plus. D’après les repères du Programme National Nutrition Santé, un adulte peut consommer deux produits laitiers par jour.
Le sucre n’est pas le meilleur ami de la flore intestinale. Une alimentation très riche en sucres peut être associée à un déséquilibre du microbiote. Dans l’idéal, réduisez progressivement votre consommation de sucre. Utilisez des alternatives plus brutes au sucre blanc lorsque vous ne pouvez pas le supprimer. Restez attentif aux édulcorants de synthèse, dont l’effet sur le microbiote fait encore débat. Traquez également le sucre caché dans les produits industriels et privilégiez une alimentation plus naturelle au quotidien.
Outre le sucre, il est conseillé de modérer sa consommation d’acides gras saturés (viande rouge, produits industriels…). Privilégiez les acides gras mono et polyinsaturés comme les oméga 3, les oméga 6 et les oméga 9.
Pour favoriser un bon microbiote, l’activité physique régulière a toute sa place. Si différents paramètres (notamment alimentaires) entrent en compte, les personnes sportives présentent en moyenne un microbiote intestinal plus riche et plus diversifié ([5]). Comment expliquer ce lien entre activité physique et flore intestinale ? La recherche explore encore plusieurs pistes ([6]). Parmi elles, une production plus élevée de butyrate chez les personnes non sédentaires : il s’agit d’un acide gras à chaîne courte produit par certaines bactéries intestinales. Autre hypothèse étudiée : les interactions entre le système nerveux et l’intestin ([7]).
Les bénéfices du sport concernent aussi la digestion et son confort. L’activité physique aide à maintenir une bonne hygiène de vie d’ensemble, favorable à l’équilibre du microbiote.
Certains aliments n’apportent pas grand-chose à la flore intestinale. Mieux vaut en limiter la consommation, ou les éviter autant que possible. Ce sont, en premier lieu, les aliments ultra-transformés : très riches en graisses saturées et en sucre, on leur préférera une alimentation plus naturelle. Mieux vaut aussi limiter les additifs alimentaires et les produits « light », souvent riches en édulcorants (fréquemment synthétiques) dont l’effet sur la composition du microbiote reste discuté.
La viande rouge gagne à être consommée avec mesure. Le bœuf, le mouton et le porc sont caloriques et riches en graisses saturées. Une consommation élevée de viande rouge entretient par ailleurs, dans la flore, des bactéries qui transforment la L-carnitine (un acide aminé) en triméthylamine (TMA). Les repères nutritionnels invitent à limiter la viande rouge à environ 500 g par semaine et à privilégier les morceaux maigres. Pensez aussi aux œufs et aux protéines végétales.
Par définition, les antibiotiques agissent sur les bactéries, qu’elles soient « utiles » ou non pour notre microbiote. C’est pourquoi un traitement antibiotique s’accompagne fréquemment de désagréments intestinaux, liés à leur impact sur la flore. Les antibiotiques ne doivent jamais faire l’objet d’une automédication et ne se prennent que sur avis médical. Respectez scrupuleusement les indications de votre médecin et ne prenez jamais d’antibiotiques qui ne vous ont pas été prescrits. Après un traitement, le rééquilibrage de la flore intestinale peut être accompagné par des produits fermentés ou des probiotiques : votre médecin ou votre pharmacien saura vous conseiller.
Il existe enfin la possibilité de faire analyser l’état de son microbiote. Le test du microbiote est un outil d’accompagnement personnalisé qui met en évidence la richesse, la diversité, la composition et le potentiel fonctionnel des bactéries intestinales. Il permet aussi de repérer une éventuelle dysbiose (un déséquilibre de la flore). Plusieurs laboratoires, dont des acteurs français, proposent ce type d’analyse à partir d’un séquençage de l’ADN bactérien.
Ces tests s’adressent aussi bien aux personnes simplement curieuses de mieux connaître leur flore qu’à celles qui souhaitent ajuster leur alimentation, ou encore aux sportifs attentifs à leur récupération. Les résultats sont en général accompagnés de recommandations alimentaires individualisées, à interpréter avec un professionnel de santé et sans s’y substituer.
Le microbiote occupe une place importante dans notre forme générale. On peut l’aider à se diversifier au quotidien, à l’aide de gestes simples. Les fibres alimentaires, les produits lactofermentés, une alimentation majoritairement naturelle et végétale ainsi qu’une activité physique régulière sont nos meilleurs alliés pour y parvenir. Accompagner son microbiote, c’est, au fond, prendre soin de son hygiène de vie sur le long terme.
Les souches probiotiques ne sont pas interchangeables : chacune fait l’objet de travaux de recherche distincts. Le tableau ci-dessous associe quelques souches parmi les plus étudiées aux domaines sur lesquels portent ces travaux. Ces données décrivent l’état de la recherche et ne constituent pas une indication de traitement.
| Souche | Domaine de recherche documenté |
|---|---|
| Lactobacillus rhamnosus GG | Confort intestinal lors de voyages |
| Saccharomyces boulardii | Confort digestif pendant et après un traitement antibiotique |
| Lactobacillus acidophilus | Confort digestif général |
| Bifidobacterium longum | Soutien de la flore intestinale de fond |
| Lactobacillus plantarum | Confort intestinal et transit |
| Lactobacillus reuteri | Recherche sur le nourrisson et la sphère bucco-dentaire |
| Bifidobacterium lactis | Transit et équilibre de la flore |
Les dosages des probiotiques s’expriment en UFC (unités formant colonie) à la date de péremption. Ces repères sont indicatifs : suivez toujours les indications du fabricant et, le cas échéant, l’avis de votre professionnel de santé.
| Usage | Dosage indicatif | Durée indicative |
|---|---|---|
| Entretien quotidien | 1 à 10 milliards UFC/j | Cure de 4 à 8 semaines |
| Accompagnement d’un traitement antibiotique | 10 à 50 milliards UFC/j | À distance de la prise, à poursuivre quelques jours après (avis médical) |
| Confort digestif ponctuel | 10 à 50 milliards UFC/j | Quelques jours à quelques semaines |
| Cure de fond | 10 à 50 milliards UFC/j | 4 à 12 semaines |
Les repères officiels situent l’apport conseillé autour de 30 g de fibres par jour, alors que la moyenne réelle tourne souvent autour de 20 g. L’essentiel est de varier les sources : fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, oléagineux. Augmentez les quantités progressivement pour préserver le confort digestif.
Choucroute crue, kimchi, pickles, yaourts, kéfir et kombucha sont de bonnes options à alterner. Variez-les pour diversifier les ferments apportés. Les versions « crues » ou non pasteurisées conservent davantage de micro-organismes vivants que les conserves stérilisées.
Une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés suffit à beaucoup de personnes. Une cure de probiotiques peut intéresser certaines situations ponctuelles, par exemple en accompagnement d’un traitement antibiotique. En cas de doute ou de traitement en cours, demandez conseil à un professionnel de santé.
Les durées indicatives vont de 4 à 8 semaines pour un entretien, jusqu’à 4 à 12 semaines pour une cure de fond. Les dosages s’expriment en UFC (unités formant colonie). Référez-vous toujours aux indications du fabricant et adaptez selon votre tolérance.
Oui, les antibiotiques agissent sur l’ensemble des bactéries, ce qui peut perturber temporairement la flore. Ils ne se prennent que sur prescription médicale, jamais en automédication. Après un traitement, produits fermentés et probiotiques peuvent accompagner le rééquilibrage de la flore.
